外部システムで「店別訂正」まで行っている場合、在庫引当前に「出荷予定送信」をしてもいい？

はい、できます。

「予定送信」後に「数量訂正」を行ってもシステム処理上のエラーは発生しません。箱数の精度をあげるため、先に「在庫引当」を行ったうえ、「出荷予定送信」を行ってください。 ただし、「予定登録」の箱数と「出荷確定」時の箱数が大きく異なることは避けてください。