「出荷予定送信」を行った後に出荷しないことが分かった商品をボツ伝として処理できるか

いいえ、できません。必ず出荷予定送信前にボツ伝処理を実行してください。

なお、サプライヤー側に原因があるなどやむを得ない場合は、出荷範囲を解除したうえでボツ伝登録し、再度出荷範囲を作成してください。このケースでは出荷明細No.も変わるので、再度出荷明細書を出力してドライバーに渡すようにしてください。