出荷Pack〈しまむら〉で「数量確定（再配分）」を行った後に、引当数の変更と再配分はできる？

はい、できます。

「数量確定（再配分）」後でも、「引当数」を更新して再度「数量確定（再配分）」をクリックすることで、引当数の更新と再配分が可能です。

総数の修正ではなく、店別に数量訂正を行いたい場合は、「出荷」メニュー ＞「店別数量訂正」から修正してください。